无论如何，当袁世凯败亡之初，北洋系的分化正在形成之中，阵线尚不十分分明，内部派系矛盾的表现也还不突出；在南北方之间，因为孙中山和革命党人对政治暂时消极，西南地方实力派则忙于瓜分及稳固其势力范围，南北矛盾亦暂时消沉。作为国务总理，段祺瑞本有较大的空间和余地处理北京政治，但出其所料的是，在责任内阁制下权力本受限制的大总统黎元洪却与他在许多问题上发生了激烈的矛盾冲突，形成为以黎元洪为代表的总统府和以段祺瑞为代表的国务院互为对立面的府院之争。而为了使矛盾的解决于己有利，府院双方又各自拉拢、争取其支持者，黎元洪得到前国民党人和西南地方实力派的支持，段祺瑞则得到北洋系军人和研究系（前进步党人）政客的支持。其后，黎、段双方的矛盾又因中国是否参加第一次世界大战的纠葛而引入美、日矛盾的国际因素，致双方矛盾更加复杂激烈而多变，进而导致北京政局的不稳，并以最终解散国会和内阁，演成清室复辟闹剧而收场。
根据《临时约法》的规定，大总统和国务院的职权各有分工，大总统的权力除了受国会的制约外，主要受到须经内阁成员副署规定的限制。黎元洪出任大总统很大程度上是因缘附会，并无实际政治力量为依托。正因为如此，段祺瑞及其下属也没有太拿他当回事，认为他“老实，易于妥协”，“既无势力为后盾，一旦继居高位，自易于对付”，何况段还有责任内阁制为借口。如果黎元洪上任后安于当个“太上皇”式的大总统，黎、段两人想可相安无事。不料黎元洪却不甘无所事事地当个空头总统，而愿意对政治表示自己的态度，结果黎以大总统身份干政，而段以责任内阁制搪塞，双方关系迅速恶化，加以其周围的鼓动说辞，两人关系更是到了水火不容之地步。