复书发出，交付英使馆，英使朱尔典氏，当去呈报英政府，一时未有复文。中国政府，乐得眼前清净。嗣由川边镇抚使尹昌衡来电，报称：川边肃清。政府诸公，越觉心慰。袁总统也放下了心，好安稳过年了。怎奈蒙、藏两区，风潮暗紧，哲布尊丹巴原顽抗如故，就是达赖喇嘛，已复原封，心下尚是未足，也想与库伦活佛，同做皇帝。皇帝是人人要做，怪不得汉高有言，今而知皇帝之贵。外蒙得此消息，乘机遣使，到了西藏，先拟迎达赖至库，共商独立事情。达赖不肯应允，乃协议彼此联络，双方称帝。当订定蒙藏协约九条，其文云：
(一)西藏国皇帝达赖喇嘛，承认蒙古构成独立国，且将一千九百十一年十一月九日所宣言之黄教首领哲布尊丹巴喇嘛，认为蒙古国皇帝。(二)蒙古皇帝哲布尊丹巴喇嘛，承认西藏构成独立国，且承认达赖喇嘛为西藏国皇帝。(三)蒙、藏两国和衷共济，互行咨询，以讲求黄教繁荣之方法。(四)蒙、藏两国将来若有内忧外患时，互相援助，永矢不渝。(五)两国政府，对于游历领土之公私人，互相设法保护。(六)两国政府，自由贸易产物及家畜，从新设立商业机关。(七)所有商业上债权，以政府及商业机关所承认者，定为有效。若未经允许而争讼者，两国政府，决不考察。但缔结本条约以前之买卖，暨因本条约第七条结果被损害者，按照政府所规定，可以要求代偿。(八)若将本条约再行修订时。由两国简派代表，预先规定日期及地点，以便协商。(九)本条约自签约之日起，发生效力。