方腊的家就在清溪一带，他家里有个漆园，平时靠这个园里的出产，日子还勉强过得去。朱勔办了花石纲以后，方腊家也常遭到勒索。方腊恨透了这些官府差役，他也看到当地农民受尽花石纲的苦，对官府怀有强烈的不满情绪。于是方腊开始在当地组织摩尼教。这个教派是波斯人所创立的，很早就传到了中国，是民间比较流行的一个秘密宗教。该教的教义是“光明一定能战胜黑暗”，所以又称为明教。它主张“是法平等，无分高下”，信教者都是一家，同时还主张吃素断荤，节省钱财，在教友中实行互助。
摩尼教的主张非常符合当地群众愿望，再加上方腊本人不辞辛苦地到处传教，由此聚集了很多信教者，这些人后来成为他日后发动起义的主要力量。
宣和二年（1120）十月的一天，方腊和教中骨干正在秘密商量起义的时候，不想走漏了风声，被当地的大地主方有常知道了。方有常听说方腊要谋反，非常害怕，就让人将方腊他们关在谷仓里，然后跑向官府去告密。方腊在摩尼教徒的帮助下，很快逃出谷仓，并杀了方有常一家。
之后，方腊在漆园召开誓师大会，他说：“我们老百姓耕种纺织，成年累月地艰辛劳动，生产出来的粮食与布匹，却被皇帝与官老爷全部抢去，供他们挥霍享受。官府稍不满意，就鞭笞虐待我们，甚至随意处死我们。我们怎么能够忍受这样的不公平？如今赋税沉重、贪官污吏还在加重盘剥，我们的日子都已经过不下去了，可是皇帝和官老爷们仍在用我们的血汗过着声色犬马、穷奢极欲的生活。我们整年都在艰苦地劳作，可是老婆孩子还是要受冻挨饿，我们已经活不下去了。大家说说我们该怎么办？”聚集在漆园里的人们一时群情激奋，都一致表示愿听方腊的命令。