8月，彰化和云林先后失守，同时，义军的粮食和弹药日益不足。刘永福曾几次派人到大陆求援，他们得到了大陆爱国人民的热烈支持，不少人要求参加抗日斗争。但是，卖国的清政府却下令军民“不得丝毫接济台湾”，还封锁了大陆到台湾的航运。
台湾军民虽然遇到了许多困难，却并没有被困难吓倒。云林失守后，嘉义危急，刘永福调军增援，黄荣邦、简精华等率义民军助战，收复云林一带，军威复振。侵台日军遭到严重打击，日本政府急派大军来台。10月，在布袋、枋寮先后登陆，配合陆路南犯的日军分三路进攻台南。黑旗军和义军在饷械极度困难的条件下仍坚持战斗到最后，义军大部分战死，徐骧也在一次激战中英勇牺牲了。10月19日，刘永福被迫退回大陆，台湾被日本占领了。
1896年年初，台中义民柯铁率领一部分抗日民众，在嘉义东北大坪顶坚持斗争，不断地给来犯敌人以打击，赢得了“铁虎”的称号。同时，台北、台南人民也展开了攻打城市、袭击官衙的斗争，此伏彼起地打击着侵略者。此后，在漫长的半个世纪中，台湾人民反抗日本侵占台湾的斗争，始终没有停止过。
