顺治帝下了死命令，一定要捉住黄毓祺。
黄毓祺的日子变得异常艰苦，他曾以“张睢， “赵渔”，“王梦白”，“太白行者”四度化名，到后来甚至还做了乞丐，沿路乞讨逃亡在江北。
在将近两年的逃亡生涯中，黄毓祺什么都忍受了，但是他无法忍受的是朋友的出卖。他的老朋友张纯一、张士俊最终出卖了他。
黄毓祺于顺治六年被捕，下了海陵狱。
廉使夏一鹗曾想让黄毓祺招出更多的乱党，并承诺可以保住其性命。可是遭到黄毓祺断然拒绝。夏一鹗勃然大怒，发狠拷打黄毓祺。当然，这一切都是顺治皇帝的授权。
黄毓祺被折磨的只剩下一口气了，但是仍旧是铁骨铮铮，毫不退缩，一字不招，连夏一鹗都感到无可奈何了，便问他你到底想怎么样？
黄毓祺说出了自己的心声来，“求一死耳。”（《孤忠后录》）
就是在监狱中，黄毓祺依然不忘自己的文人本色，常常是“慷慨如平时，题咏不少辍。落笔洒然，痛所志不遂，郁伊骚屑之情，溢于辞色。”
这些诗词原原本本的放到了顺治皇帝的面前，愤怒的顺治皇帝，顿时冷静了下来，他无奈了，他知道自己原来对待文人的怀柔，是自己的错，对待这些人，也许还真是要用比较强硬的手段才能让他们屈服。
