清军还未入关前,多尔衮早已经做了不少准备工作,他先是取消了诸王、贝勒在皇太极时期兼管部院事务的职权。入关后的一段时间内,多尔衮又派遣多铎、阿济格、豪格、济尔哈朗等亲王率领大批满洲贵族,轮流到各地出征。说是派他们去出征,其实是另有目的。当时,多尔衮心中只有一个念头:只要让他们远离统治中心,就不会干涉到国政。到了顺治四年(1647年)二月,多尔衮还不肯就此作罢,并以“府第逾制”的罪名,罢免了济尔哈朗辅政的权利。
顺治五年(1648年),多尔衮又设立了六部汉尚书、都察院汉都御史,提高了汉官在这些重要机构中的地位和职权。同时,多尔衮为了使汉官能够有效发挥作用,还严禁满洲贵族欺压、侮辱汉官,但凡有人违犯,就要受到相应的处罚。同年二月,豪格平定四川后,凯旋,没想到多尔衮非但没有加封他,反而立即罗织罪名,并将他逮捕下狱,后来折磨致死。因为这件事,还牵连了额亦都、费英东、杨古利等勋臣的不少子侄,使和多尔衮对立的满族贵族势力大受削弱。
同年三月,多尔衮又翻出来旧账,以当初皇太极去世时,在继承问题上不揭发豪格为借口,革去了济尔哈朗亲王爵,并降他为郡王。同年十一月,多尔衮的权势越来越大,地位也越来越高,他的称号由“叔父摄政王”进为“皇叔父摄政王”。不过,多尔衮并没有被权势冲昏头脑,他时常告诫诸王大臣:不可谄媚自己而不尊重朝廷、不尽忠皇上。就在这年十一月,多尔衮由“皇叔父摄政王”被尊封为“皇父摄政王”,掌握了军政大权,成为大清的实际统治者和最高决策人,成为不是皇帝的皇帝。