5月30日，孙科在国民党中政会上发言称：“湖南的农民协会要全体停止活动，不然，不得了。”又说：“工会随便的查封产业，简直就是无政府的状态。”“成天的嚷无产阶级领导革命，哪里有这一回事。如果真是无产阶级在领导革命，上海、广东、长沙各处的工农运动，也不会一下子就被军队压下去了。"5月31日，汪精卫、谭延闿致电湖南省代主席张翼鹏，声称：“湘省农工运动幼稚失当，中央早思制裁”，“对于此次军队与农工纠察队冲突，亦能谅解。从此统一党的威权，对于农工运动，加以严格训练、取缔，未始非湘省前途之福。”实际上对事变表示容许和肯定。
湖南农民协会派遣请愿代表团前往武汉向国民党中央请愿，要求明令讨伐许克祥。6月13日，军事委员会开会，程潜、唐生智、谭延闿、毛泽东等参加了会议。毛泽东在会上严正批驳了农民协会抢军队枪械的说法，但也承认农民协会确有扰害军人家属的举动。毛泽东解释农民协会扰害军人家属的原因，是“农民协会有哥老会在内把持，他们既不知道国民党是什么，也不知道共产党是什么，只晓得作杀人放火的勾当”。讨论的结果，会议决定对马日事变不用武力解决。唐生智表示愿意亲赴长沙，以和平的方法改组农民协会。同日，国民党中政会召开会议，决定责成唐生智全权办理此案。武汉国民党中央之所以如此仰赖唐生智，乃因为自宁汉分裂以后，唐生智实际上成为武汉政权下的第一号军事实权人物。当时武汉政府的武装部队总数约10万人，其中5万人集中在湖南和湖北两省，名义上隶属于国民政府，实际上是效忠于唐生智个人。换言之，唐生智实际上是两湖的军事主宰。