拿破仑对卡尔托将军屡屡外行干预,哭笑不得,他多次拒绝了司令官的荒唐指示,并很正规地用文书请求卡尔托将军只下达总的指示,不要干预炮兵作战的技术问题。卡尔托将军的回答是,命令他用所有瞄准港口要塞区的大炮转向土伦城区,作三天饱和轰击,再令步兵纵队强攻港口要塞。拿破仑忍无可忍,只得写信给上级机关,陈述自己的见解,要求撤换卡尔托将军。不久,巴黎革命政府接受拿破仑的意见,调走卡尔托将军,另委派了一名新司令官。
新来的部队司令官多普将军是医生出身,虽然比卡尔托聪明,同样不懂作战指挥。新司令官到任不久,碰上英军炮击,法军一弹药库中弹爆炸,几名法军士兵阵亡,正在现场的拿破仑险遭不测。新司令官不承认是英军炮弹击中弹药库,非要向上级报告弹药库是被贵族分子烧毁。拿破仑无可奈何,只能暗暗摆头。