万历以降，由于政治权威的失落，民间社团获得了空前发展。随着东林书院讲学追求有用之学的崛起，学术界经世致用的实学思潮勃盛一时。文人士子活跃的社团纷起响应，大都带有浓厚的政治倾向。如创立于天启年间的复社，聚集了很多派别。复社前期以选编时文、学习经义、揣摩风气、猎取功名作为晋身之阶，后期则以发表不同政见，组织集会，发动清议为目的，对社会风气的扬抑、舆论的导向和人心的浇铸都发生了深远影响。总之，书院的功利目的和关心时政的态度，使书院卷入了世俗的现实政治斗争中，政治化的倾向不断加强。
书院教育的地域化　随着讲学之风的盛行，不同的学术流派纷纷建立自己的书院，作为传播自己的学术观点和进行学术论辩的场所。
当阳明心学盛行于海内的时候，王学与其同门及其他学派的论争就没有间断过。王守仁在世时，即有程朱学派学者罗钦顺、江门心学学者湛若水等与之争论“格物”、“良知”。王守仁去世后，这种争论依然没有停止，这一方面固然是因为罗钦顺、湛若水尚健在，另一方面是因为“格物”之类的问题，一直是理学各派所关注的问题。不仅王门学者内部派别林立，有浙中派、江右派、泰州派、南中派、楚中派、北方派、粤闽派等；而且王学外部，持批评与反对态度的学派也不断涌现，如出于王学而又有别于王学的泰州学派及东林学派等。这些不同学派为了宣传自己的学术观点，同时也为了壮大自己的声势，都建有自己的文化团体，并建立书院，授徒讲学。