太平天国叛乱爆发后,受太平军影响,各地势力比较大一些的捻子队伍,就开始纷纷效仿太平军的组织架构,以加强内部管理和势力扩展。尤其是在太平天国后期,以及太平天国被湘军打败后,在两江地区被湘军打败的太平军残部,溃逃到皖北、山东、河南一带后,很快就和当地捻子勾结在了一块。经过合并改编,各地捻子不但人数、武器装备均有加强,也越发具有军队架构,因而也就导致其“叛军”的性质越发明显。
同治二年,豫、皖、鲁三地发生的一场大灾,导致饥民数百万无以为生纷纷加入各地“捻子”,并发了暴乱。而后又由于朝廷的镇压,各地“捻子”为了与朝廷抗争,纷纷自发融合起来,很快就形成了几大捻军势力。其中尤以张洛行、苗沛霖、孙葵心、张宗禹、张禹爵、龚得树、赖文光、任柱、李蕴泰等人控制的捻军势力最大。他们每股捻军人数,至少都是数以五六万计,多的能达十万余众,北方数省的几十支大小捻军加起来,恐怕不下百万人。
捻军虽然号称有百万余众,不过捻军的战斗力明显要远远低于当年的太平军。一是因为武器装备上的差距,二是捻军的组织极为松散,从大体上分为东捻军、西捻军两大派,往下又是各省、各府捻军各自为战,各部之间虽有联系却也互不统属。所以,基于以上种种客观原因,曾国藩并不怎么把现在的捻军放在眼里。然后又经过对北方六省的地势环境详细分析,曾国藩敏锐的发现,捻军作乱主要都集中在黄河和淮河沿线一带。于是根据这个特点,他决定沿黄河和淮河两条河道,每隔一段距离选取重要的河口节点,设置一座可控制周边方圆二三百里范围内的军镇,在军镇内屯兵伫粮,若是防区内有捻军作乱,立刻出动水师或骑兵快速围剿。