但是直系诸将此时已经不愿再迁就这位大总统。6月1日，旧国会议员以吴景濂和王家襄为首，共有203人联名发表宣言，通电指责徐世昌为非法总统，“至徐世昌窃位数年，祸国殃民，障碍统一，不忠共和，黩货营私，种种罪恶，举国痛心，更无俟同人等一一列举也”。2日，徐世昌正在设宴款待回国不久的顾维钧，吴佩孚的驻京代表钱少卿不停地打电话到总统府，追问徐世昌何时离京。徐世昌知道自己已经不能继续赖在总统的位置上了，他改变了总统府的风水，却最终没有能够避免中途下台的命运。于是散席后回到总统府，徐世昌即宣布辞职，“查大总统选举法第五条内载‘大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之’。又载‘副总统同时缺位时，由国务院摄行其职务’，各等语，本大总统现在因病，宣告辞职，依法应由国务院摄行职务”，将总统印信交由国务院之后，于当日即乘专车抵天津。徐世昌甫一离京，国务院就发表院令，“本日徐大总统宣告辞职，由国务院依法摄行职务，所有各官署公务，均仍照常进行”。
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